医院不断提升特色专科治疗水平，妇产科、儿科为国家中医药管理局“十二五”重点专科；骨伤科、皮肤科、肿瘤血液科、耳鼻喉科为浙江省中医药重点专科；中西医结合骨科学科群、生殖医学重点学科群为温州市“311”工程重点学科群；骨伤科、中西医结合男科、中西医结合神经内科、儿科、中西医结合皮肤科、一指禅推拿中心、中西医结合皮肤性病学为温州市“311”工程重点学科，拥有两大中心（温州市皮肤整形医院和温州市运动医学中心），浙江省癌痛规范化治疗示范病房，省级儿童早期发展优质服务基地，省级肿瘤患者营养指导中心，省级干眼示范指导中心，温州市骨质疏松中西医结合研究中心，温州医科大学中医肛肠病研究所临床基地，温州市青少年儿童糖尿病防治中心等一批专科平台和诊疗中心。

在科研工作方面，承担省部级、厅局级科研课题共277项，，温州市重大科技创新攻关历史性突破项目2项；成功立项教育部产学合作协同育人项目2项；先后获得浙江省中医药科学技术奖二等奖1项、浙江省中医药科学技术创新奖三等奖1项等荣誉。近5年，SCI收录论文共60余篇。与上海大学、浙江中医药大学、温州医科大学、广州中医药大学等科研院校，开展广泛科研合作，充分发挥平台作用来推动学科全面发展。成为“上海大学转化医学研究院温州临床医学中心”，成立首都医科大学附属北京天坛院神经病学联盟—温州头痛分中心（温州地区第一个“头痛中心”）、温州市级医院首家国家级标准化代谢性疾病管理中心等，在基础研究成果转化、医学人才培养等方面开展广泛合作。2017年成功建设浙江省基层中医药适宜技术温州示范基地，于同年开展基层常见病多发病中医药适宜技术推广温州示范基地建设。